Kobato, une jeune fille naïve, est arrivée sur la terre avec une mission bien précise : Remplir un flacon afin de pouvoir réaliser son rêve, aller quelque part (on ne sait pas où elle veut aller). Pour ce faire elle doit "soigner" des coeurs, c'est à dire les consoler et autres. Elle sera aidé par une peluche parlante bleue en forme de chien, Ioryogi, qui a à l'opposé de Kobato un caractère grossier et explosif.